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大數(shù)據(jù)時代:生物醫(yī)學(xué)的待解之題
發(fā)布時間:2013-03-22  來源:工人日報 

  大數(shù)據(jù)時代正在深刻影響生物醫(yī)學(xué)研究:海量數(shù)據(jù)需要在不同系統(tǒng)和機構(gòu)間共享和分析,但因缺乏統(tǒng)一的標準而使研究者無從下手;信息技術(shù)和生物醫(yī)學(xué)的結(jié)合更加緊密,兩者兼通的復(fù)合型人才也明顯缺乏。

  面對如潮水般涌來的海量數(shù)據(jù),如何更好地利用,成為信息技術(shù)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域共同面對的挑戰(zhàn)。

  大數(shù)據(jù)時代撲面而來

  2012年,美國政府發(fā)布了《大數(shù)據(jù)研究和發(fā)展倡議》,旨在利用大量復(fù)雜數(shù)據(jù)集合獲取知識和提升洞見能力,投入金額高達2億美元。

  所謂大數(shù)據(jù),或稱巨量資料,指的是所涉及的資料量規(guī)模巨大到無法透過目前主流軟件工具,在合理時間內(nèi)達到擷取、管理、處理并整理成為幫助決策更積極目的的資訊。

  前不久,在以“信息技術(shù)與未來醫(yī)學(xué)”為主題的第二屆“與大師同行”學(xué)術(shù)交流活動上,來自耶魯大學(xué)、麻省理工學(xué)院與哈佛大學(xué)博勞德研究所、美國勞倫斯伯克利國家實驗室、中國工程院等研究機構(gòu)的國際知名學(xué)者,對大數(shù)據(jù)對生物醫(yī)學(xué)的影響、大數(shù)據(jù)時代生物醫(yī)學(xué)研究標準化困境和復(fù)合型人才缺乏難題進行了探討。

  中國工程院院士韋鈺表示:“生物醫(yī)學(xué)正進入大數(shù)據(jù)時代,很多研究都是大數(shù)據(jù)研究、大數(shù)據(jù)存儲,從大數(shù)據(jù)里面挖掘新信息。”

  她舉例說,比如現(xiàn)在診斷某種疾病,醫(yī)生可能需要調(diào)用患者的基因數(shù)據(jù)、從小到大的病歷等大量數(shù)據(jù)。

  近日,深圳華大基因研究院院長汪建曾表示,大數(shù)據(jù)與大科學(xué)是未來生物經(jīng)濟發(fā)展的核心點。“要解決當前生命科學(xué)的問題,需要從時空狀態(tài)對生老病死進行解讀,這就需要大數(shù)據(jù)。這種大數(shù)據(jù)揭示的就是大科學(xué),從而衍生出大產(chǎn)業(yè)。”

  僅以深圳國家基因庫為例,其中的樣本量已達130萬份,其中人類樣本115萬份,動植物、微生物等其它樣本15萬份。至2013年底,預(yù)計實現(xiàn)1000萬份可溯源生物樣本的存儲,2015年底實現(xiàn)3000萬份生物樣本的存儲。

  而這僅僅是不斷膨脹的大數(shù)據(jù)的冰山一角。

  標準化困境浮出水面

  不同系統(tǒng)和科研機構(gòu)之間難以實現(xiàn)標準化的數(shù)據(jù)共享和分析,這令很多科學(xué)家無所適從。

  美國特拉華大學(xué)生物信息學(xué)和計算機生物學(xué)中心主任吳慧華表示,上述問題是生物醫(yī)學(xué)與信息科學(xué)結(jié)合過程中遇到的關(guān)鍵難題。目前獲取海量數(shù)據(jù)變得越來越方便,但一家機構(gòu)與另一家產(chǎn)生的資料有很多差別,把這些信息集中分析時就需要一個共同的標準。

  以對大數(shù)據(jù)需求最為迫切的醫(yī)院為例。美國勞倫斯伯克利國家實驗室基因組科學(xué)部主任魯賓(Rubin)表示,理想狀態(tài)下的目標是建立統(tǒng)一的電子病歷系統(tǒng),這些信息應(yīng)該有統(tǒng)一的標準,但現(xiàn)實并非如此,各個醫(yī)院存儲的數(shù)據(jù)標準不同,而且不同系統(tǒng)存儲的信息也不一樣。

  據(jù)吳慧華觀察,目前在美國等國家,不同機構(gòu)和資料庫產(chǎn)生和存儲的數(shù)據(jù)都是遵從不同的標準,標準化問題在業(yè)內(nèi)尚未達成共識。

  對于標準化之難,魯賓解釋說,數(shù)據(jù)量大并非關(guān)鍵,而是數(shù)據(jù)類型的多樣性導(dǎo)致了難以統(tǒng)一標準。

  他說,比如基因測序,雖然數(shù)據(jù)量很大,但屬于同一類型,就比較容易在同一標準下進行分析,而生物醫(yī)學(xué)方面的數(shù)據(jù)就困難得多,涉及血壓、心跳等多種不同類型的臨床和數(shù)字化信息,有些數(shù)據(jù)之間難以關(guān)聯(lián),這便造成了標準化的挑戰(zhàn)。目前各個國家已經(jīng)開始重視這個問題,信息科學(xué)和生物醫(yī)學(xué)的學(xué)者需要更加緊密的合作。

  在吳慧華看來,中國科學(xué)家應(yīng)該積極加入國際標準的討論、設(shè)計和制定中,更多參與國際上的生物醫(yī)學(xué)信息共享。

  復(fù)合型人才鳳毛鱗角

  標準化雖然艱難,但與會業(yè)內(nèi)人士普遍認為,當務(wù)之急是解決生物醫(yī)學(xué)和信息科學(xué)兼通的復(fù)合型人才缺乏困境。因為兩者結(jié)合過程中的標準化及一系列問題的化解,需要研究者對兩個領(lǐng)域都有很深的造詣。

  據(jù)與會專家介紹,目前鮮有高校主動設(shè)置生物醫(yī)學(xué)和信息科學(xué)的交叉學(xué)科和院系,橫跨這兩個領(lǐng)域的復(fù)合型人才大多源自學(xué)者自發(fā)或在導(dǎo)師引導(dǎo)下的選修。

  耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院干細胞研究中心主任林海帆對自己的一位學(xué)生印象深刻。這位學(xué)生曾經(jīng)主動提出關(guān)注生物信息方面的研究,當年很多老師以為他不務(wù)正業(yè)。最后他選擇了兼修信息科學(xué),現(xiàn)在已經(jīng)是生物醫(yī)學(xué)和信息科學(xué)兼?zhèn)涞南∪比瞬拧?/p>

  “我發(fā)現(xiàn)有的學(xué)生雖然選擇生物專業(yè),但其實很有數(shù)學(xué)天分,我們研究所信息部的主任就是這樣培養(yǎng)出來的。”林海帆說。

  吳慧華正是這種復(fù)合型人才的典型。她同時具備生物學(xué)和計算機科學(xué)教育背景,曾獲臺灣大學(xué)理科學(xué)士學(xué)位、美國普渡大學(xué)植物病理學(xué)碩士和博士學(xué)位,以及得克薩斯大學(xué)泰勒分校第二碩士學(xué)位(計算機學(xué))。

  為促進多學(xué)科研究和教育,她2009年在特拉華大學(xué)創(chuàng)立生物信息學(xué)與計算生物學(xué)中心(CBCB),由來自5個學(xué)院的60多名教師組成,并創(chuàng)立或負責(zé)多個生物信息學(xué)教育項目。

  麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)博勞德研究所副主任、首席信息官梅西羅夫(Mesirov)介紹,美國政府正在推動計算機科學(xué)和生物學(xué)等交叉學(xué)科的教育,從國家級科學(xué)中心的層面,促進高中階段的學(xué)生開始學(xué)習(xí)交叉學(xué)科的知識。

  這,也許對中國會有所啟迪。

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